Salah satu keunggulan Madrasah Ibtidaiah Terpadu adalah penekanan yang kuat pada pengembangan karakter Islami siswa. Selain mempelajari ajaran agama Islam, siswa juga diberi pemahaman tentang nilai-nilai moral dan etika yang mendasari ajaran Islam. Mereka diajarkan tentang kejujuran, disiplin, rasa hormat, kasih sayang, keadilan, dan sikap saling menghargai. Hal ini membantu siswa menjadi individu yang baik dan bertanggung jawab dalam kehidupan sehari-hari.